Cómo compilar:
En una consola escribir 
[ ............:$]gfortran md1.f90 -o runout
[ ............:$]./runout

con esto el ejecutable runout lee los datos del archivo DataIn.in y guarda la salida en el archivo  con nombre DataOut.dat que es el que contiene toda la información de la simulación
El nombre del archivo con la salida (o sea DataOut.dat) está definido en el archivo de entrada DataIn.in. 
Se puede modificar el nombre para que al hacer simulaciones con distintos parámetros los archivos no se sobreescriban. 
Por ejemplo:
Si corro una simulación con vi=0.12, podría llamar al archivo de salida DataOut012.dat modificando el archivo DataIn.in.
Luego correr la simualcion. Luego si cambio vi, cambiar el nombre nuevamente y así.

El archivo de entrada DataIn.in consiste de 9 lineas:

!LINE 1: An arbitrary string which is the title given to the calculation
!LINE 2: Name of the file to contain the output sample  ! posiciones, velocidades y aceleraciones finales
!LINE 3: Name of the file to contain the output data
!LINE 4: Number sites along one direction Nx. The number of sites is N=4xN^3
!LINE 5: Number of time steps
!LINE 6: Amplitude of the |v_i|=|v0|
!LINE 7: Amplitude of a time step (typical value: 0.0032)
!LINE 8: A density for the system.  The box volume is rescaled at the
!        beginning to match your density.  A value of zero leaves the box
!        unchanged (which is probably the most common setting).
!LINE 9: A negative number such as -1 indicates a constant E (free evolution)
!        run.  This is a very common setting, to be preferred when
!        measurements are performed.
!        A null or positive number indicates the temperature T for a
!        constant T run.  This is the main mechanism to use to change
!        the system temperature.
!

ejemplo usado en nuestro caso:
--------------------
Prueba microcanónico
OutNx8.dat
DataOut.dat
8
1000
0.25
0.0016
0
-1
--------------------


Para graficar:

si se tiene una versión de gnuplot instalado, tipear

[ ............:$]gnuplot Plot.gp

en breve se tendrán todos los plots

con mathematica

Abrir el archivo Plot.nb

modificar el path para el comando Import como se indica dentro del archivo.
Shift+Enter :D